Twórcy projektu od samego początku tworzenia aplikacji mieli na uwadze zachowanie jak największej prywatności użytkowników aplikacji. Nie są zbierane i gromadzone dane osobowe, które by mogły posłużyć do identyfikacji konkretnej osoby. Zrobione zdjęcia są dostępne tylko dla konkretnego użytkownika w jego prywatnej galerii na telefonie.

Zrobione zdjęcia można ewentualnie wysłać mailowo do twórców projektu lub poprzez fanpage projektu, aby udoskonalić model rozpoznawania flag. Cel projektu zostanie osiągnięty, gdy w akcji weźmie udział jak największa liczba osób. W 2017 został przeprowadzony lokalny pilotaż w jednej z gmin. Dane wówczas były zbierane w sposób półautomatyczny i statystyki z pewnością obarczone były zauważalnym błędem badawczym.

Dla bezpieczeństwa transmisja z telefonu jest szyfrowana, a strona www.markflag.com, na której prezentowane są wyniki została zabezpieczona certyfikatem SSL.

Zalecamy instalować aplikację Mark Flag tylko i wyłącznie poprzez sklep Google Play, gdzie każdy zgłoszony przez dewelopera program jest przed publikacją najpierw dokładnie sprawdzany. Google używa specjalne algorytmy, które szukają i usuwają szkodliwe programy. Takie działania zabezpiecza użytkowników przed utratą danych bądź prywatności.